含み損を抱えたまま年末を迎え、損切りしたら口座は真っ赤。それでも「申告すれば少し戻る」と聞いて調べ始めた方が多いはずです。この記事では、複数口座の損益を合算する損益通算、引ききれない損を翌年以降3年間持ち越す繰越控除、その確定申告の具体的な手順を順番に説明します。あわせて、申告すると不利になる人の条件にも触れます。
前提：源泉徴収ありの口座でも申告は必要
特定口座（源泉徴収あり）は「申告不要」が売りです。ただしそれは1つの口座の中だけの話。A証券で50万円の利益、B証券で30万円の損失という状態でも、B証券の損は自動的にはA証券の利益と相殺されません。放っておくとA証券の利益に対して源泉徴収された税金が取られっぱなしになります。
ここを取り戻すのが損益通算。そして年間トータルでもマイナスなら、その赤字を翌年以降に持ち越すのが繰越控除です。どちらも確定申告をしない限り適用されません。
ステップ1：通算できる損失か確認する
まず、その損失が制度の対象か確かめます。
| 損失の種類 | 損益通算 | 繰越控除 |
|---|---|---|
| 特定口座・一般口座の上場株式等の譲渡損 | できる | できる（翌年以後3年間） |
| 上場株式等の配当・分配金との通算 | できる（申告分離課税を選択した場合） | できる |
| NISA口座内で生じた損失 | できない | できない |
| 先物・FXなどの先物取引に係る雑所得等 | 株式とは別枠 | 別枠で3年間 |
| 給与所得・事業所得との通算 | できない | — |
つまずきが集中するのがNISAです。NISA口座の損失は税制上「なかったもの」として扱われるため、課税口座の利益とぶつけることはできません。ここは何度確認しても変わりません。
ステップ2：書類をそろえる
準備物はシンプルです。
- 各証券会社の「特定口座年間取引報告書」（電子交付ならサイトからPDFをダウンロード）
- マイナンバーカード（e-Tax用）またはID・パスワード方式の届出
- 給与がある人は源泉徴収票
一般口座で取引した分は、取得価額と売却額を自分で集計する必要があります。これは正直かなり面倒なので、複数口座を持つなら特定口座に寄せておくのが無難です。
ステップ3：確定申告書を作る
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を使うのが一番早く、慣れていれば30〜60分程度です。画面の流れはおおむね次のとおり。
- 収入・所得金額の入力画面で「株式等の譲渡所得等」を選ぶ
- 「特定口座年間取引報告書の内容を入力する」から、口座ごとに数字を転記する（複数口座は「もう1件入力する」で追加）
- 譲渡損失が残る場合、「本年分で差し引く繰越損失額」「翌年以後に繰り越される損失の金額」の欄が自動計算される
- 過去に繰り越した損失がある人は、前年の申告書の付表を見ながら年分ごとに入力する
提出書類としては、確定申告書の第三表（分離課税用）に加えて、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書、そして繰越控除を受けるための確定申告書付表が必要です。作成コーナーで入力すれば自動で出力されます。
ステップ4：利益が出ない年も申告し続ける
繰越控除で一番多い失敗がこれ。損失を繰り越すには、取引がなかった年でも毎年連続して確定申告を出し続ける必要があります。1年でも空けると、そこで繰越はリセットされます。
数字で見る3年間の流れ
1年目に80万円の損失を出したケースです（税率は20.315%として計算）。
| 年 | その年の損益 | 差引後の課税対象 | 翌年への繰越額 | 税金の動き |
|---|---|---|---|---|
| 1年目 | −80万円 | 0円 | 80万円 | 申告のみ（還付なし） |
| 2年目 | +30万円 | 0円 | 50万円 | 源泉徴収分 約60,945円が還付 |
| 3年目 | +60万円 | 10万円 | 0円 | 源泉徴収 約121,890円のうち 約101,575円が還付 |
2年目も3年目も、申告しなければ還付は1円もありません。
申告した方が損になる人もいる
ここは率直に書きます。確定申告をすると、株の利益が合計所得金額に算入されます。その結果、次のような影響が出ることがあります。
- 配偶者や親の扶養（税法上・健康保険上）から外れる
- 国民健康保険料や後期高齢者医療保険料が上がる
また、令和6年度の個人住民税から、上場株式等の配当所得等・譲渡所得等について所得税と異なる課税方式を選ぶことはできなくなりました。かつてのように「所得税は申告、住民税は申告不要」という使い分けはできません。
損失額が数千円程度なら、手間と影響を考えて見送るのも十分ありうる判断です。一方、数十万円単位の損失なら、申告しない理由はほぼありません。
申告期間は例年2月16日から3月15日まで（期限が土日にあたる年は翌平日）。ただし還付申告は5年以内ならさかのぼって提出できます。制度の細部や期限は変わりうるので、国税庁のタックスアンサーNo.1474で最新情報を確認してください。 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1474.htm
よくある質問（FAQ）
Q. 損失を繰り越している途中で証券会社を変えても大丈夫ですか？
A. 問題ありません。繰越損失は証券口座ではなく個人に紐づくため、口座を移しても引き続き控除できます。ただし前年の申告書の付表は自分で保管し、翌年の入力時に参照できるようにしておいてください。
Q. 会社員でも確定申告をすると会社に知られますか？
A. 株の譲渡所得は申告分離課税なので、住民税が給与天引き分に上乗せされる形にはならず、通常は勤務先に通知されません。ただし住民税の徴収方法の扱いは自治体によって運用が異なるため、心配な場合はお住まいの市区町村に確認するのが確実です。
Q. 3年経っても控除しきれなかった損失はどうなりますか？
A. 繰越期間は譲渡損失が生じた年の翌年以後3年間なので、それを過ぎた分は切り捨てとなり、以降の利益とは相殺できません。大きな損失を抱えている場合は、繰越期間内に利益を確定させるかどうかも含めて検討することになります。
まとめ
株の損失は、確定申告で他口座の利益と通算し、残りを3年間繰り越せますが、毎年連続して申告書を出し続けることが絶対条件です。